Genetická Analýza Vzorků Tkání Z Mumií Nalezených V Peru - Alternativní Pohled

Obsah:

Genetická Analýza Vzorků Tkání Z Mumií Nalezených V Peru - Alternativní Pohled
Genetická Analýza Vzorků Tkání Z Mumií Nalezených V Peru - Alternativní Pohled
Anonim

Zpráva o výsledcích genetické analýzy vzorků tkání mumií nalezených v Peru. Tato zpráva byla připravena v listopadu 2018.

Účinkující

Image
Image
  • Laboratoře CEN4GEN (6756 - 75 Street NW Edmonton, AB Kanada T6E 6T9) - Příprava a řazení vzorků.
  • ABRAXAS BIOSYSTÉMY SAPI DE CV (Mexiko) - analýza počítačových dat.

Po předběžné analýze kvality byly odebrány 3 vzorky ze 7 předložených vzorků pro další analýzu.

Vzorky pro analýzu

Označení původní jméno Podmíněné jméno Obrázek
Starověký-0002 Neck Bone Med Seating 00-12 Victoria 4 Victoria Obr. 3.117
Starověký-0003 1 Hand 001 Oddělte ruku 3 prsty Obrázek 3.118
Starověký-0004 Momia 5 - DNA Victoria Obr. 3.117

U těchto vzorků byly provedeny následující operace:

Propagační video:

  1. Extrakce DNA.
  2. Kontrola kvality DNA.
  3. DNA multiplikace.
  4. Tvorba knihovny DNA.
  5. DNA sekvenování.
  6. Tvorba čištěných sekvenovaných dat.
  7. Kontrola kvality.
  8. Předběžná analýza překrýváním DNA ukazuje na lidský genom.
  9. Analýza izolace krátkých DNA je typická pro starou DNA.
  10. Overlay of Ancient0003 DNA čte na existujících knihovnách lidského genomu.
  11. Mitochondriální analýza pro detekci variant D-smyčky a dalších informačních míst pro stanovení mitochondriálních haplotypů.
  12. Stanovení pohlaví vzorků Ancient0003.
  13. Identifikace možných cizích organismů ve vzorcích.
  14. Analýza databází DNA k identifikaci podobností se známými organismy.
Obrázek 3.117. Extrakce vzorků z krku Victoria
Obrázek 3.117. Extrakce vzorků z krku Victoria

Obrázek 3.117. Extrakce vzorků z krku Victoria.

Pro identifikaci možných typů organismů přítomných ve vzorcích Ancient0004 a Ancient0002 (Victoria) bylo provedeno skicování DNA (Ondov et al., 2016), ve kterém byly skupiny krátkých fragmentů, k-mers, porovnány s dostupnými databázemi. Byl použit software BBTools.

Byly testovány následující organismy:

  1. Bakterie.
  2. Virus.
  3. Plazmidy.
  4. Fágy.
  5. Houby.
  6. Plastid.
  7. Diatomy.
  8. Člověk.
  9. Bos Taurus.
  10. H penzbergensis.
  11. PhaseolusVulgaris.

  12. Mix2: Štítek pro následující genomy:

    • Lotus japonicus chloroplast, kompletní genom.
    • Canis lupus familiaris cOR9S3P čichová receptorová rodina 9 podrodina S pseudogen (cOR9S3P) na chromozomu 25.
    • Mitochondrie Vigna radiata, kompletní genom.
    • Millettia pinnata chloroplast, kompletní genom.
    • Curvibacter lanceolatus ATCC 14669 F624DRAFT_scaffold00015.15, celá genomová brokovnice.
    • Asinibacterium sp. OR53 skafold1, celá genomová brokovnice.
    • Kmen Bacillus firmus LK28 32, celá genomová brokovnice.
    • Chloroplast Bupleurum falcatum, kompletní genom.
    • Alicycliphilus sp. B1, celá genomová brokovnice.
    • Kmen Bacillus litoralis C44 Scaffold1, celá genomová brokovnice.
    • Kmen Chryseobacterium takakiae DSM 26898, celá genomová brokovnice.
    • Paenibacillus sp. FSL R5-0490.
    • Bacillus halosaccharovorans kmen DSM 25387 Lešení3, celá genomová brokovnice.
    • Bakterie Rhodospirillales URHD0017, celá genomová brokovnice.
    • Kmen Bacillus onubensis 10J4 10J4_trimmed_contig_26, celá genomová brokovnice.
    • Radyrhizobium sp. MOS004 mos004_12, celá genomová brokovnice.
    • Bacillus sp. UMB0899 ERR1203650.17957_1_62.8, celá genomová brokovnice.

  13. Vertebrates: Štítek pro následující genomy:

    • Amblyraja-radiata_sAmbRad1_p1.fasta.
    • bStrHab1_v1.p_Kakapo.fasta.
    • bTaeGut1_v1.p_ZebraFinch.fasta.
    • GCA_000978405.1_CapAeg_1.0_genomic_CapraAegagrus.fna.
    • GCA_002863925.1_EquCab3.0_genomic_Horse.fna.
    • GCF_000002275.2_Ornithorhynchus_anatinus_5.0.1_genomic.fna.
    • GCF_000002285.3_CanFam3.1_genomic.fna.
    • Macaco_GCF_000772875.2_Mmul_8.0.1_genomic.fna.
    • rGopEvg1_p1_Gopherus_evgoodei_tortuga.fasta.
  14. Protozoa.
Obrázek 3.118. Obraz a rentgen dvou rukou se třemi prsty
Obrázek 3.118. Obraz a rentgen dvou rukou se třemi prsty

Obrázek 3.118. Obraz a rentgen dvou rukou se třemi prsty.

Po všech filtrech bylo přijato 27974521 čtení pro Ancient0002 a 304785398 čtení pro Ancient0004. To ukazuje, že 27% DNA ze vzorku Ancient0002 a 90% DNA ze vzorku Ancient0004 nelze identifikovat se vzorky DNA analyzovaných organismů z dostupných databází.

Další fáze analýzy byla provedena pomocí softwaru megahit v1.1.3 (Li et al., 2016). Byl získán následující výsledek:

  • Ancient0002: 60852 kontigů, celkem 50459431 bp, min. 300 bp, max. 24990 bp, avg 829 bp, N50 868 bp, 884,385 (5,39%) sestavených čtení.
  • Ancient0003: 54273 kontigů, celkem 52727201 bp, min. 300 bp, max. 35094 bp, průměr 972 bp, N50 1200 bp, 20 247 568 (65,69%) sestavených čtení.

Výsledek analýzy je znázorněn na obrázku.

Image
Image
Obrázek 3.116. Poměr klasifikovaných čtení pro 28073655 Ancient0002 čtení (horní graf) a 25084962 Ancient0004 čtení (dolní graf) ve srovnání s 34904805 DNA základnou představující 1109518 taxonomických skupin
Obrázek 3.116. Poměr klasifikovaných čtení pro 28073655 Ancient0002 čtení (horní graf) a 25084962 Ancient0004 čtení (dolní graf) ve srovnání s 34904805 DNA základnou představující 1109518 taxonomických skupin

Obrázek 3.116. Poměr klasifikovaných čtení pro 28073655 Ancient0002 čtení (horní graf) a 25084962 Ancient0004 čtení (dolní graf) ve srovnání s 34904805 DNA základnou představující 1109518 taxonomických skupin.

Závěr

V důsledku analýzy bylo ukázáno, že vzorky Ancient0002 a Ancient0004 (Victoria) neodpovídají lidskému genomu, zatímco vzorek Ancient0003 dobře odpovídá lidskému.

Komentář Korotkov K. G

Všimněte si, že ruka se třemi prsty patřila velkému stvoření, srovnatelné co do velikosti s Marií, a získaný výsledek odpovídá výsledku analýzy Marieovy DNA. Victoria je zástupcem „malých tvorů“a výsledek ukazuje, že jejich DNA neodpovídá žádným moderním pozemským tvorům. Samozřejmě nemáme údaje o starodávných tvorech, které zmizely po miliony let.

Odkazy

  • Corvelo, A., Clarke, WE, Robine, N., & Zody, MC (2018). taxMaps: komplexní a vysoce přesná taxonomická klasifikace dat s krátkým čtením v přiměřeném čase. Genome Research, 28 (5), 751-758.
  • Gamba, C., Hanghøj, K., Gaunitz, C., Alfarhan, AH, Alquraishi, SA, Al-Rasheid, KAS, … Orlando, L. (2016). Porovnání výkonu tří starověkých metod extrakce DNA pro vysoce výkonné sekvenování. Molecular Ecology Resources, 16 (2), 459-469.
  • Huang, W., Li, L., Myers, JR, a Marth, GT (2012). UMĚNÍ: simulátor čtení nové generace. Bioinformatics, 28 (4), 593-594.
  • Li, D., Luo, R., Liu, C.-M., Leung, C.-M., Ting, H.-F., Sadakane, K., … Lam, T.-W. (2016). MEGAHIT v1.0: Rychlý a škálovatelný metagenomový assembler poháněný pokročilými metodikami a komunitními praktikami. Methods, 102, 3-11.
  • Ondov, BD, Treangen, TJ, Melsted, P., Mallonee, AB, Bergman, NH, Koren, S. a Phillippy, AM (2016). Mash: rychlý odhad genomu a metagenomu pomocí MinHash. Genome Biology, 17 (1), 132.
  • Schubert, M., Ermini, L., Der Sarkissian, C., Jónsson, H., Ginolhac, A., Schaefer, R., … Orlando, L. (2014). Charakterizace starověkých a moderních genomů detekcí SNP a fylogenomickou a metagenomickou analýzou pomocí PALEOMIX. Nature Protocols, 9 (5), 1056-1082.
  • Weissensteiner, H., Forer, L., Fuchsberger, C., Schöpf, B., Kloss-Brandstätter, A., Specht, G., … Schönherr, S. (2016). mtDNA-Server: analýza příští generace sekvenční analýzy lidské mitochondriální DNA v cloudu. Nucleic Acids Research, 44 (W1), W64-W69.
  • Zhang, J., Kobert, K., Flouri, T. a Stamatakis, A. (2014). PEAR: rychlá a přesná slučovací reklama Illumina Paired-End. Bioinformatics, 30 (5), 614-620.

Materiály poskytnuté Konstantinem Georgievičem Korotkovem (doktor technických věd, profesorem, Univerzitou informačních technologií, mechaniky a optiky) a Dmitrijem Vladislavovičem Galetským (kandidát lékařských věd, I. P. Pavlov 1. Státní lékařská univerzita v Petrohradě)