První známá aplikace kryptografie je věřil být použití zvláštních hieroglyfů asi před 4 000 lety ve starověkém Egyptě. Prvky kryptografie byly nalezeny již v nápisech Starého a Středního království, od doby XVIII. Dynastie jsou známy zcela kryptografické texty. Hieroglyfické psaní odvozené z piktogramů bylo plné ideogramů a v důsledku nedostatku vokalizace bylo možné vytvářet fonogramy podle principu hádanek.
Kryptografie Egypťanů nebyla zvyklá na to, aby bylo obtížné číst, ale spíše s touhou zákonodárců překonat se navzájem ve vtipu a vynalézavosti a také pomocí neobvyklosti a tajemství upozornit na jejich texty. Jedním z ilustrativních příkladů jsou texty oslavy šlechtice Khnumhotepa II. (XIX. Století před naším letopočtem) nalezené v dobře zachovaném hrobce č. BH 3 v oblasti Beni Hasana.
Staří Egypťané používali alespoň tři šifrovací systémy.
Ve starověkých indických textech jsou mezi 64 uměními pojmenovány metody změny textu, některé z nich lze připsat kryptografickým. Autor tablety s receptem na výrobu glazury pro keramiku z Mezopotámie použil vzácná označení, vynechal písmena a nahradil jména čísly, aby skryl to, co bylo napsáno. V budoucnu existují různé odkazy na použití kryptografie, z nichž většina se týká použití ve vojenských záležitostech.
S příchodem fonetického psaní bylo psaní okamžitě zjednodušeno. Ve starověké semitské abecedě ve 2. tisíciletí př. Nl bylo jen asi 30 znaků. Označovali souhlásky, jakož i některé samohlásky a slabiky. Zjednodušení psaní přineslo vývoj kryptografie a šifrování.
Příklady použití kryptografie lze nalézt v posvátných židovských knihách, včetně knihy proroka Jeremiáše (6. století před naším letopočtem), kde byla použita jednoduchá šifrovací metoda zvaná atbash. Místo prvního písmene abecedy psali poslední, místo druhého - předposlední atd.
Jedním z nejstarších známých kryptografických zařízení je skitala, známá také jako „šifra starověké Sparty“. Skitala (nebo scitala z řeckého σκυτάλη, hůlka) je zařízení používané k provádění permutačního šifrování. Skitala se skládala z válce a úzkého pruhu pergamenu ovinutého kolem spirály, na které byla napsána zpráva. Toto zařízení bylo vynalezeno Sparťany a je známo, že bylo použito ve válce Sparty proti Athénám na konci 5. století před naším letopočtem. E.