Účastníci konsorcia Genome 10K na výroční konferenci, která se nyní koná v New Yorku, ohlásili zahájení mezinárodního projektu „Vertebrate Genomes“, jehož úkolem je shromáždit genomy všech 66 tisíc druhů obratlovců žijících dnes na planetě. Gizmodo vypráví více o cílech a cílech projektu.
V roce 2009 založili američtí biologové David Haussler, Oliver Ryder a Stephen O'Brien projekt Genome 10K, jehož cílem bylo sekvenovat 10 000 genomů obratlovců. Na projektu se původně podílelo 55 vědců z velkých zoologických zahrad, výzkumných středisek a muzeí. Zpočátku nebylo jasné, jak dlouho bude trvat shromáždění genomů v dostatečné kvalitě. Ale s náklady a zjednodušením sekvenčních metod bylo jasné, že projekt dokončí své úkoly za několik let. Během posledních tří let účastníci projektu porovnávali hlavní technologie pro sekvenování DNA a analýzu získaných výsledků, aby si vybrali tu, která vytvoří „platinové genomy“.
Včera členové Genome 10K oznámili zahájení nového projektu Vertebrate Genome Project, jehož cílem je shromáždit mužské a ženské genomy od 66 000 druhů obratlovců. Projektu se zúčastní 150 vědců zastupujících 50 organizací z 12 zemí. Podle jednoho ze zakladatelů projektu, Olivera Rydera, budou biologové díky tomu schopni pochopit důvody vyhynutí druhů, včetně toho, zda v historii druhu „úzká místa“došlo k úzce souvisejícím křížením, v důsledku čehož se snížila genetická rozmanitost druhu nebo delece - mutace, které mohou „vypnout“»Geny nezbytné pro přežití organismu.
Spolu s oznámením nového projektu vědci okamžitě představili první výsledky své práce: genomy 15 druhů obratlovců, včetně ohroženého papouška kakapo, endemického na Novém Zélandu a australského ptakopysk. Tyto a všechny ostatní genomy, které vědci plánují shromáždit, budou zveřejněny ve veřejné doméně, v Noemově archové genomické databázi.
Účastníci plánují sekvenci krátkých úseků genomové DNA a sbírat z nich stále delší sekvence až do celého chromozomu a poté je „lepit“pomocí algoritmů speciálně vyvinutých pro tento projekt.
Dříve byli vědci schopni přečíst genom člověka na kapesním sekvenceru velikosti smartphonu. Zařízení vytvořilo rekord pro nejdelší čtení molekuly DNA, dokázalo sekvenovat sekvence až 882 tisíc párů bází.
Ekaterina Rusakova