Inkvizice jako instituce církve pochází z počátku její činnosti od roku 1215. Tehdejší papež Innocent III, který schválil základní práva a povinnosti inkvizitorů, je přímo spojen s vytvořením zvláštního soudu pro katolickou církev. Stojí za to říci, že identifikace a pronásledování tzv. „Kacířů“začalo téměř od prvních let vzniku křesťanského náboženství a samozřejmě pokračuje dodnes, nikoli v tak sofistikované a radikální podobě jako ve středověku. Raně křesťanská církev byla nucena vést zoufalý boj nejen s vnějšími oponenty (hlavně v osobě římských císařů), ale také s vnitřními rozpory. Nekonečné spory mezi představiteli nejvyššího křesťanského duchovenstva o stupni svatosti některých textů a neshod při jejich interpretaci nakonec vedlyk vytvoření určitého sjednoceného souboru pravidel týkajících se duchovenstva. Na základě apoštolského učení svatého Pavla a zjevení Jana Evangelisty vynesli biskupové doktrínu „pravé víry“společné všem křesťanům a prohlásili všechny, kdo se k jejím kánonům nepřistoupili, za kacíře a „ztracené“.
Na úsvitu křesťanství byl maximálním trestem za odpadlíka exkomunikace. První případ odmítnutí majetku heretika ve prospěch duchovenstva byl zaznamenán v roce 316. O několik desetiletí později, v roce 385, byl již vykonán první rozsudek smrti na základě obvinění z hereze. Křesťanský spisovatel a filozof Priscillian byl popraven spolu s několika následovníky jeho doktríny. Všichni byli spáleni na hranici; nebude zbytečné poznamenat, že Priscillian kázal asketismus, který nezabránil fanatikům „pravé víry“, aby ho přivedl k bolestivé smrti.
Začátek v jedenáctém století, pronásledování a ničení kacířů začalo nabývat masového charakteru. V době slavného Fredericka Barbarossy (od roku 1120 do roku 1190) byl vyvinut a zaveden systém pro odhalování zločinů proti náboženství. Podle ní byli ti, kteří byli usvědčeni z nevhodného chování ve vztahu k církvi, předmětem církevního soudu. Zároveň byla široce využívána a povzbuzována výpověď, zejména pokud jde o bohaté občany, jejichž majetek vždy skončil v církevní pokladně. Nakonec v roce 1229 papež Gregory devátý založil pravý církevní tribunál, jehož účelem je „identifikovat, předcházet a trestat hereze“. Následně, v roce 1478, byl tento soudní orgán přeměněn na tzv. „Španělskou inkvizici“, jednu z nejradikálnějších a nejkrutějších forem náboženského obscurantismu.
Na rozdíl od všeobecného přesvědčení se samotní inkvizitori prakticky nikdy přímo nepodíleli na popravách obviněných z kacířství. Jejich úkolem bylo v zásadě určit vinu nebo nevinnost konkrétního podezřelého. Obvinění byli v naprosté většině případů podrobeni sofistikovanému mučení a snažili se uchopit přiznání heretických pronásledování a přesvědčení. V případě, že „kacíř“nezemřel během mučení, přiznal se k zločinům proti církvi a činil z nich pokání, byl mu uložen trest církve (pokání). Pokud obviněný přetrvával v popírání své viny nebo souhlasil pouze s jedním bodem obvinění a odmítl ostatní, byl uznán jako „tvrdohlavý kacíř“a předán světskému soudu. Tím pádem,inkvizitoři odmítli zodpovědnost za další osud ruky, která jim padla, a formálně nevyžadovala jeho odsouzení. Toto soudní řízení však bylo doprovázeno touhou sekulárních úřadů „potrestat podle zásluh“, což obžalovaného zbavilo jakékoli naděje na shovívavost.
Inkvizice sehrála svou roli ve slavném lovu čarodějnic, který začal na konci 15. století. V těchto dnech se po celé Evropě vlnila hysterie spojená s pověstmi o masivní přítomnosti „služebníků ďábla“a „uzavřela dohodu s Luciferem“mezi běžnou populací. Spravedlivě je třeba říci, že ačkoli se inkvizice zabývala identifikací čarodějnic, většina rozsudků smrti byla vynesena bez její účasti sekulárními soudy.
Inkvizoři nedovolili odsouzení bez soudu, ale zároveň se téměř nikdy nezbavili svobody. Osoba obviněná z kacířství byla a priori vinna, zvláště pokud byl její majetek pro křesťany cenný. Z tohoto důvodu zuřila svatá španělská inkvizice zejména v bohatých oblastech Evropy, zpustošila a odsoudila oheň bohatých měšťanů, zemědělců a obchodníků, obviňovala je z rouhání a uctívání zlých duchů. Současně stačilo k podání obžaloby ústní svědectví „svědků“a byla jim nabídnuta malá odměna za výpověď, převzatá ze zabaveného majetku obviněného.
Propagační video:
Podle nepřesných údajů počet obětí španělské inkvizice za celé období její činnosti přesahuje tři sta čtyřicet tisíc lidí, z nichž asi třicet dva tisíce bylo spáleno naživu. Po uškrcení bylo spáleno více než sedmnáct tisíc, zbytek byl podroben mučení, uvěznění a dalším trestům. Postupně byla instituce inkvizice zničena téměř ve všech evropských zemích, včetně Španělska (v roce 1834) a Portugalska (v roce 1820), kde byl jeho vliv obzvláště silný. Organizace s tímto názvem existovala nejdelší dobu v Římě, teprve v roce 1908 byl název Nejsvětějšího shromáždění Nejsvětějšího kancléře přejmenován.